Ao abrigo da Lei nº 8 /92 alíneas d) e f) do nº 2 do artigo 8 e do artigo nº30 da lei 9/92 conjugados com o artigo nº3 do Decreto-Lei nº13/2010, é da competência do Banco Central de São Tomé e Príncipe assegurar, regular, fiscalizar e promover o bom funcionamento dos sistemas de compensação e de pagamentos, entre outras funções.
O sistema de pagamento pode ser entendido como um conjunto de instrumentos de pagamentos, as regras de funcionamento, os métodos operacionais e os sistemas de informação e de comunicação, que permitem processar e controlar a transferência de fundos entre entidades.
Como superintendente do Sistema de Pagamentos, o Banco Central de São Tomé e Príncipe recolhe, compila e divulga informação estatística sobre os agregados das operações de pagamentos enviados e recebidos pelos prestadores de serviços de pagamentos que operam no país.
Os instrumentos de pagamento disponibilizados aos clientes bancários, são designadamente: cheques, transferências a crédito, débitos directos, efeitos comerciais e cartões de pagamentos.